Mikao Usui wurde am 15. August 1865 in Taniai Mura (heute Miyamacho), Yamagata-gun, Gifu geboren. In jungen Jahren reiste Usui in das Ausland, um Erfahrungen und Wissen zu sammeln. Er war nicht reich, sondern er musste haushalten und sparen, um durch das Leben zu kommen. Dabei wechselte er oft seinen Beruf (Beamter, kaufmännischer Angestellter, Journalist, Sekretär, Missionar und Geistlicher für Gefängnisinsassen). Durch diese sehr vielfältigen Erfahrungen betrachtete er das Leben aus unterschiedlichsten Perspektiven und stellte sich irgendwann die Frage nach dem "Sinn des Lebens". Er beschäftigte sich sehr intensiv mit dieser Frage und setzte sich schließlich mit Geschichte, Medizin, Buddhismus, Christentum, Psychologie, Askese, Wahrsagerei und Physiognomik auseinander, um dort die gesuchten Antworten zu finden. Schließlich kam er - ähnlich wie Bhudda - zu dem Schluss, dass das höchste Ziel im Leben darin bestehen müsse, vollkommenen Geistesfrieden zu erlangen. Er erlernte Zen-Bhuddismus und lebte drei Jahre lang asketisch, ohne jedoch das Ziel dieses inneren Friedens zu erreichen. Schließlich fragte er in seiner Verzweiflung seinen Zen-Meister, und dieser antwortete ihm: "Nun, vielleicht solltest Du den Tod erleben".

Sein Zen-Meister hatte damit natürlich etwas anderes im Sinn, aber Usui glaubte, er müsse tatsächlich physisch sterben, um diesen Zustand zu erreichen. Im März 1922 gab Usui also sein Leben auf und zog sich auf den Berg Kurama zurück, um sich dort fastend und meditierend auf seinen Tod vorzubereiten. Nach 21-tägiger Fastenzeit fühlte er plötzlich einen kraftvollen Schlag in der Mitte seines Gehirns, wurde ohnmächtig und kam dann nach einigen Stunden wieder zu sich, wobei er sich wie nie zuvor erfrischt und erholt fühlte. Er erlebte einen Erleuchtungszustand und erkannte: "Das Universum ist ich, ich bin das Universum" - also die vollkommene Verbindung mit ALLEM, WAS IST.

Als Usui begriff, dass er Erleuchtung erlangt hatte, rannte er voller Freude den Berg hinunter, stolperte jedoch über einen Stein und riß sich dabei den Zehennagel auf. Er legte seine Hand auf die Wunde, und zu seiner Überraschung stoppte die Blutung, und der Zeh war geheilt. Er lief nun zurück in den Zen-Tempel und berichtete seinem Meister von seinen Erlebnissen. Dieser bestätigte ihm, dass er Erleuchtung erlangt hatte und sagte ihm, dass er nun mit der Heilkraft, die er geschenkt bekommen hatte Menschen heilen soll.

Zuerst erprobte Usui seine neuen Fähigkeiten zuhause an seiner Familie. Dann entwickelte sich der Wunsch, diese Fähigkeiten auch mit anderen Menschen zu teilen. Er nannte seine Methode fortan "Shin-Shin Kai-Zen Usui Reiki Ryo-Ho" oder "Die Usui-Behandlungsmethode zur Verbesserung von Körper und Geist".

Im Monat nach seiner Erleuchtung eröffnete Usui in Tokyo die "Usui Reiki Ryoho Gakkai", zu deutsch "Das Studieninstitut für die Usui-Reiki-Heilmethode". Usui selbst war der erste Präsident. Der zweite Präsident war Herr Ushida, der dritte Herr Taketomi, der vierte ein Herr Watanabe, der fünfte ein Herr Wanami, und die sechste Präsidentin ist heute eine Frau Koyama. Gegen eine minimale Mitgliedsgebühr werden heute immer noch neue Mitglieder aufgenommen, jedoch nur auf Empfehlung der Mitglieder. Es ist also für Außenstehende nicht möglich, Mitglied der Usui Reiki Ryoho Gakkai zu werden.

Im September 1923 brach in der gegend von Tokyo das große Kanto-Erdbeben aus. Unzählige Menschen wurden verletzt, und so entschloß sich Usui, in das gebiet zu reisen um dort den Menschen zu helfen.

Im Laufe seiner Behandlungen beobachtete Usui oft, dass Menschen, die er geheilt hatte nach einiger Zeit mit den gleichen Beschwerden wieder zu ihm kamen. Er erkannte, dass man nur dann dauerhaft gesund werden kann, wenn man auch seine Lebenseinstellungen ändert. Daher stellte er die "Gokai", die 5 Reiki-Lebensregeln auf, die er aus Gedichten des Meiji-Kaisers entnahm:

Zwischen 1922 und 1926 soll Usui etwa 2000 Schüler gehabt haben. Darunter waren 20 "Shihans" (Lehrer). 19 der 20 Shihans trafen sich am 16. Januar 1926 zu einer Einstimmungs-Sitzung. Es war dies das letzte Treffen im Beisein von Usui. Usui starb am 9. März 1926 an den Folgen eines Gehirnschlags, nachdem er bereits zwei überlebt hatte.

Einer der Shihans, die an diesem letzten Treffen teilnahm, war Chujiro Hayashi, ein Marinearzt. Er war 1925 von Usui zum Shihan eingeweiht und zertifiziert worden. Usui ermutigte Hayashi, weiter an Reiki zu forschen und seine medizinischen Kenntnisse einzubringen. Hayashi gründete später sein eigenes Institut, das Hayashi Reiki Kenkyukai.

1935 kam Hawayo Takata, eine junge Frau aus Hawaii nach Japan, um sich einen Tumor operativ entfernen zu lassen. Sie war aber für eine Operation zu schwach. So wurde sie schließlich in der Hayashi-Reiki-Klinik für einige Monate täglich mit Reiki behandelt, bis sie sich schließlich vollkommen erholt hatte. So wollte sie selbst Reiki lernen, was ihr zunächst verweigert wurde. Nach langem Drängen wurde sie schließlich von Dr. Hayashi ausgebildet. 1938 wurde sie schließlich von Hayashi zum Meister des Usui-Systems der natürlichen Heilung eingeweiht. Schließlich, kurz vor dem Krieg wurde sie von Hayashi zu seiner Nachfolgerin ernannt, und Hayashi starb, seinen Körper in der Meditation verlassend. Bis zu ihrem Tod im Jahre 1980 weihte sie 22 Reiki-Meister ein: